eQMS::LIMS CIS (Communication and Integration Server / komunikacijski i integracijski server) omogućuje dvosmjernu integraciju s drugim informacijskim sustavima u okruženju (LIMS, ERP, QM …), a korisnicima eQMS::LIMS sustava omogućuje izradu vlastitih rješenja koja komuniciraju s eQMS::LIMS sustavom. eQMS::LIMS CIS pogodan je za instalaciju u Internet DMZ okruženju te tako izolira laboratorijsku mrežu od vanjskih utjecaja i opasnosti. eQMS::LIMS CIS implementiran je kao JEE aplikacija koja „prema van“ komunicira web servisima preko SOAP protokola dok je veza prema „pozadini“ realizirana kroz JEE RMI.

eQMS::LIMS CIS mogu koristiti manje i veće organizacija u raznim scenarijima kao što su npr.

• Pristup laboratorijskim podacima preko portala
• Pregled uzoraka poslanih na analizu bez izravne konekcije na eQMS::LIMS
• Dohvat i distribucija izvještaja o ispitivanju zainteresiranim korisnicima
• Povezivanje s ERP sustavom putem web servisa
• itd

eQMS::LIMS CIS svoju će uporabu naći i u velikim „multisite“ laboratorijima gdje će pojedine „instance“ laboratorija kroz CIS biti integrirane u jednu cjelinu. Arhitektura CIS servera podržava proizvoljan broj centralnih laboratorija koji formirane zahtjeve za analizom (analitičke protokole) šalju na obradu proizvoljnom broju distribuiranih / dislociranih laboratorija. Laboratorij kojem se šalje zahtjev odabire se prije slanja bilo ručno bilo automatski prema zadanim kriterijima. Web servis na strani dislociranog laboratorija periodički poziva web servise na strani svakog od središnjih laboratorija s kojima surađuje, kako bi obavijestio centralne (nadređene) sustave o statusu prethodno preuzetih zahtjeva i predao rezultate obrađenih zahtjeva te preuzeo nove zahtjeve za obradu.